«Կազմակերպական մոդելների ինովացիա» բաղադրիչի շրջանակում հայաստանյան ՔՀԿ-ները հնարավորություն ստացան վերանայելու և բարելավելու իրենց գործառնական ու ֆինանսական մոդելները։ Այս բաղադրիչի շրջանակում կազմակերպություններն կարողացան զարգացնել իրենց հաշվետվողականությունը, թափանցիկությունը, հաղորդակցությունը, միջոլորտային գործընկերությունը, շահառուներին մատուցվող ծառայությունների շրջանակն ու որակը։ Ենթադրամաշնորհառու կազմակերպությունները մշակեցին իրենց ընթացակարգերը, քաղաքականությունները ու ռազմավարությունը։ Այս ամենն իրականացվեց իրար հաջորդող գործողություններով՝ կազմակերպությունների կարիքների և հնարավորությունների քարտեզագրում, դասընթացների իրականացում, մենթորային ցիկլերի կազմակերպում և ենթադրամաշնորհի տրամադրում։ Քարտեզագրումը հիմք հանդիսացավ կազմակերպությունների կարողությունների զարգացմանն ուղղված դասընթացների թեմաները հստակեցնելու և կազմակերպությունների հետ ավելի նպատակային աշխատելու համար։
Այս բաղադրիչը հնարավորություն տվեց ներգրավվելու հայաստանյան շուրջ 580 ՔՀԿ ներկայացուցիչների հետ, որոնցից 43-ին տրամադրվեցին ենթադրամաշնորհներ: